Если гражданин, приобретая квартиру, расплатился за покупку векселем, никто не запрещает при ее последующей продаже для уменьшения НДФЛ с дохода заявить имущественный вычет по НДФЛ.

Источник: Письмо ФНС от 09.11.2015 № БС-3-11/4211@

Но лишь при условии, что изначально вексель не выписан самим покупателем жилья, а приобретен им у третьего лица в рамках гражданско-правовых отношений.

Ведь в состав расходов, уменьшающих базу по НДФЛ, «физик», получивший доход от продажи недвижимости, может включить фактически понесенные затраты на ее приобретение (новое строительство), будь то уплаченная денежная сумма, передача прав на ценные бумаги или иное имущество.

А в случае, когда в обмен на квартиру покупатель выписывает вексель от своего имени, никакого имущества он фактически не передает (расходов не несет), а лишь принимает на себя обязательство в совершении платежа по векселю в будущем.