«Доходный» упрощенец имеет право уменьшить на сумму уплаченного торгового сбора лишь ту часть налога, которая исчислена с облагаемой сбором деятельности.

Источник: Письмо ФНС от 20.02.2016 № СД-4-3/2833@

Следовательно, в ситуации, когда плательщик УСН с объектом «доходы» ведет несколько видов деятельности, для корректного определения суммы налога к уплате «упрощенцу» придется вести отдельный учет доходов по той части бизнеса, с которой он платит торговый сбор.

Что касается плательщиков «доходно-расходной» УСН, то для них никаких дополнительных сложностей при учете торгового сбора в целях «упрощенного» налогообложения нет. Всю сумму уплаченного сбора они могут включить в состав расходов Письмо ФНС от 12.08.2015 N ГД-4-3/14233.