Если в течение пяти дней после получения аванса поставщик отгрузил покупателю товар в счет полученной предоплаты, авансовый счет-фактура не выставляется.

Источник: Письмо Минфина от 10.11.2016 № 03-07-14/65759

Дело в том, что по общему правилу при получении оплаты (частичной оплаты) в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг) счет-фактуру нужно выставить в течение пяти календарных дней, считая со дня получения денег.

Следовательно, если до истечения пятидневного срока предоплата (частичная оплата) была закрыта соответствующей поставкой, то счет-фактуру на полученный аванс уже можно не оформлять. В этом случае выставляется обычный отгрузочный счет-фактура.