Если на дату представления уточненной декларации по НДС за налогоплательщиком числилась переплата по налогу, которая полностью покрывает необходимую сумму доплаты по НДС и пени, то штрафовать плательщика не будут.

Источник: Письмо Минфина от 23.05.2017 № 03-02-07/1/31591

По общему правилу при подаче уточненки с увеличившейся суммой налога к доплате компания или ИП освобождается от ответственности, если уточнение было сдано до того, как стало известно об обнаружении налоговиками неточности и/или ошибки в первичной декларации (т.е. ошибку плательщик обнаружил самостоятельно), или о назначении выездной проверки.

При этом, прежде чем сдать уточненную декларацию, нужно обязательно перечислить в бюджет недостающую сумму налога, а также пени за просрочку.

В противном случае налогоплательщику грозит штраф в размере 20% от неуплаченной суммы налога (ст. 122 НК).

По мнению Минфина, если имеющая у плательщика переплата по НДС превышает (или равна) подлежащей уплате в бюджет сумме (доплата по уточненке плюс пени), то излишне уплаченные ранее деньги идут в зачет платежей, связанных с уточнением отчетности. Соответственно, повода для штрафа в данном случае нет.

Стоит отметить, что данное правило применимо не только к НДС, но к и другим налогам.