Если продавец выставит покупателю счет-фактуру на бумажном носителе, то и себе он должен оставить бумажный документ. Возможность хранения своего экземпляра в электронном виде в таком случае не допускается.

Источник: Письмо Минфина от 30.05.2017 № 03-07-09/33048

Как известно, счет-фактура может быть составлен и выставлен на бумажном носителе или в электронной форме. Электронный счет-фактура подписывается усиленной квалифицированной подписью руководителя или иного уполномоченного лица.

При этом в Правилах заполнения счета-фактуры прописано, что при выставлении счета-фактуры на бумажном носителе первый экземпляр передается покупателю, а второй остается у продавца.

Т.е. бумажный счет-фактура по умолчанию оформляется в двух экземплярах, один из которых должен хранить продавец. Соответственно, отдать покупателю бумажный документ, а для себя оформить «виртуальный», подписанный электронной подписью, нельзя.