Минфин подтвердил Письмо Минфина России от 31.05.2012 N 03-07-09/60, что это не является основанием для отказа в вычете НДС. Имеется в виду ситуация продажи покупателю по одному договору товаров, ввезенных из нескольких стран и задекларированных по отдельности.

Ведомство считало так и ранее, комментируя старые Правила заполнения счета-фактуры. А вопрос, видимо, вызван тем, что и новые Правила допускают неоднозначное толкование – «указывается страна происхождения товара», а не страны происхождения товара или товаров.
Кстати, Минфин напоминал Письмо Минфина России от 19.02.2010 N 03-07-09/10, что при таких «мультистрановых» покупках покупатель должен обязательно отразить все указанные в счете-фактуре страны (с кодами) и номера ГДТ и в Книге покупок в графе 6.