В счете-фактуре можно: указать несколько стран и ГТД, взять данные грузополучателя из ТОРГ-12

Хотя в Правилах заполнения счета-фактуры нет подобных особенностей, это не приведет к отказу в вычете НДС. Так заверил Минфин Письмо Минфина России от 31.05.2012 N 03-07-09/60

Так что при продаже  покупателю по одному договору товаров, ввезенных из нескольких стран и задекларированных по отдельности, смело отражайте в счете-фактуре все страны и декларации Письмо Минфина России от 31.05.2012 N 03-07-09/60. Кстати, не забудьте отразить все указанные в счете-фактуре страны (с кодами) и номера ГДТ и в Книге покупок  Письмо Минфина России от 19.02.2010 N 03-07-09/10.

А данные грузополучателя для счета-фактуры также смело можете брать из ТОРГ-12. Минфин не против Письмо Минфина от 13.06.2012 N 03-07-09/61. Хотя Правила заполнения счетов-фактур требуют в строке 4 указывать полное или сокращенное наименование грузополучателя в соответствии с учредительными документами подп. "ж" п. 1 Приложения 1 к Постановлению Правительства от 26.12.2011 N 1137 .