Расходы на аренду можно учитывать даже во время ремонта

В том числе и длительного капитального ремонта, и осуществления капитальных вложений в объект аренды. Хотя физически арендатор не использует в этот момент объект для извлечения выгоды (например, размещения производства или торговли), Минфин тут никаких проблем с обоснованностью расходов не видит Письмо Минфина России от 19.07.2012 N 03-03-06/1/345.

А вот если вы вообще не использовали арендованный объект в конкретном периоде (то есть и физически его не занимали, и ремонт не делали), то при проверке плату за этот период налоговики наверняка из расходов исключат. И есть большая вероятность, что суд без ваших дополнительных аргументов в обоснованности аренды поддержит налоговиков.