Как убрать с ЕНС пени, возникшие после перерасчета НДФЛ с районного коэффициента

Многим компаниям пришлось сдать уточненный 6-НДФЛ за I квартал 2025 г. в связи с перерасчетом НДФЛ с отпускных и командировочных без выделения из них суммы районного коэффициента (далее — РК). У кого-то только перераспределился НДФЛ с одного КБК на другой, а кто-то еще и доплатил налог с основной базы. Но все столкнулись с пенями на ЕНС. Напомним: в конце июня ФНС поменяла позицию и решила, что не нужно выделять РК из отпускных, командировочных и других выплат, рассчитанных исходя из среднего заработка. Базы по РК и зарплате разные, облагаются по разным ставкам, поэтому НДФЛ, исчисленный с РК, и НДФЛ, исчисленный с зарплаты, зачисляются на разные КБК и рассчитываются нарастающим итогом с начала года. В итоге ФНС потребовала сделать перерасчет НДФЛ между двумя базами и сдать уточненный 6-НДФЛ за I квартал (подробнее — в , 2025, № 14). ФНС уверяла, что пеней из-за недоимки по НДФЛ быть не должноПисьмо ФНС от 26.06.2025 от № БС-4-11/6142@.

Но после сдачи уточненных расчетов с переброшенным НДФЛ с КБК для РК на КБК для зарплаты (основной базы) компании увидели на своих ЕНС недоимку и пени. Ведь на ЕНС доначисление НДФЛ по основной базе ИФНС отразила сразу, а уменьшение НДФЛ по РК будет отражено после окончания камералки — через 3 месяца после сдачи уточненкиподп. 3.1 п. 5, п. 7 ст. 11.3 НК РФ. Поэтому на возникшую недоимку программа ФНС начислила пени. И это ожидаемо, поскольку алгоритм программы не рассчитан на такую специфическую ситуацию.

По разъяснениям налоговой службы, платить пени вы не должны. Поэтому, чтобы снять их до окончания камеральной проверки, надо написать в ИФНС письмо или заявление об исключении пени с ЕНС. В нем со ссылкой на Письмо ФНС от 26.06.2025 № БС-4-11/6142@ укажите, что пени на вашем ЕНС возникли из-за смены позиции ФНС, отменившей выделение РК из выплат, рассчитанных исходя из среднего заработка. После получения письма ИФНС должна вручную убрать пени с вашего ЕНС.